К.В. Вяткина, "Введение в биоинформатику"
Цель данного курса заключается в том, чтобы познакомить слушателей с вычислительной геномикой и вычислительной масс-спектрометрией – двумя
важнейшими составляющими современной биоинфоматики. В его рамках будут рассмотрены основные подходы и алгоритмы, используемые для чтения генома и анализа белковых последовательностей. К его темам относятся, в частности, алгоритмы выравнивая последовательностей и поиска образца в тексте, применение в биоинформатике скрытых марковских моделей и методы идентификации и de novo секвенирования белков по масс-спектрам.
Содержание курса:
Раздел 1: Биоинформатика: первое знакомство
1. Введение в молекулярную биологию.
2. Структура ДНК.
3. Белковые структуры.
4. Основные направления исследований в современной биоинформатике.
Раздел 2: Вычислительная геномика
1. Точное совпадение строк. Алгоритм Бойера-Мура. Алгоритм Кнута-Морриса-Пратта.
2. Алгоритмы выравнивания последовательностей.
3. Суффиксные деревья.
4. Методы сборки генома
5. Поиск в базе данных для последовательностей. BLAST.
6. Скрытые марковские модели в биоинформатике.
Раздел 3: Вычислительная масс-спектрометрия
1. Масс-спектрометрия белков и пептидов: основные принципы.
2. Идентификация белков и пептидов методом поиска в базе данных.
3. De novo секвенирование белков и пептидов.
4. Количественная протеомика.
